根据《中华人民共和国民法典》的规定，承揽合同是承揽人按照定作人的要求完成工作，交付工作成果，定作人支付报酬的协议。当承揽人将已完成的工作成果转让他人时，应当取得定作人的同意，并且应当与原定作人承担连带责任。 在这个案例中，如果甲已经完成了施工任务并交付给了乙，但是由于某种原因，乙未能及时向甲方支付工程款，导致甲方损失了五十多万的工程款。在这种情况下，甲作为承揽人，有义务将该款项归还给甲方。 然而，需要注意的是，在这种情况下，甲并不需要直接支付这笔款项给甲方，而是可以通过其他途径来实现这一目的。例如，甲可以要求乙支付剩余的工程款，并有权要求乙偿还其已经收到的部分款项。同时，甲也可以考虑通过法律途径解决这个问题，以确保自己的权益得到保护。 总之，甲作为承揽人，有义务妥善处理好自己的工程款问题，避免因无法及时收回款项而产生不必要的纠纷和经济损失。