根据您提供的情况，您与商标代理公司之间存在合同关系，并且您已经按照合同约定支付了费用。商标代理公司未能履行其在合同中的义务，即按时提交商标审查申请，导致您的商标被他人注册，这属于违约行为。 您有权依据合同法的相关规定，要求商标代理公司承担违约责任。首先，您可以要求代理公司退还已支付的费用。其次，如果因为商标被他人注册给您造成了损失，您还可以要求代理公司赔偿损失。此外，如果合同中有约定违约金条款，您也可以根据合同条款要求支付违约金。 在起诉前，建议您首先与商标代理公司进行协商，看是否能够达成和解。如果协商不成，您可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求对方承担相应的违约责任。在诉讼过程中，您需要提供合同文本、付款凭证、商标使用证据等相关证据，以证明代理公司的违约行为及您的损失。同时，您也可以考虑咨询专业律师，以获得更专业的法律服务和指导。