《中华人民共和国土地管理法》中明确规定了农村和城市郊区的土地属于集体所有。因此，在我国，宅基地的所有权归集体所有，而宅基地使用权则归个人享有。 在您提到的情况中，如果宅基地上的房屋已经通过合法途径取得所有权，并且该房屋所在的宅基地上发生争议，那么即使双方已达成一致的协议书，也并不意味着该协议书可以作为法院判决依据。因为宅基地是集体所有的，所以需要通过一定的程序（如征地拆迁）才能将宅基地上的房屋等财产转移至个人名下。 如果您遇到此类情况，建议及时向专业的法律机构或专业人士寻求帮助，以便更好地解决纠纷。同时，根据当地的法律法规，了解具体的处理方式和流程是非常重要的。