根据《中华人民共和国劳动法》的规定，员工在工作时间内应当遵守公司的规章制度，并且不得有违反国家法律法规的行为。如果公司制定了明确的规章制度并要求员工按照规定完成工作任务，那么员工必须遵守这些规章制度。然而，在这种情况下，如果上级直接从员工的工资中扣除罚款，这可能不符合法律规定。 首先，员工有权获得公平和公正的待遇，包括不受到不公平或不合理惩罚的权利。如果公司制定的规章制度与法律规定相冲突，或者公司采取了不当措施对员工进行处罚，那么这样的行为可能会导致员工权益受损。 其次，即使公司没有将罚款交到员工手中，而是直接从工资中扣除，这也可能导致员工权益受损。如果这种情况发生在劳动关系中，那么员工可以要求公司退还这部分被扣除的工资，以维护自己的合法权益。 综上所述，如果公司在处理员工的问题时存在不当之处，员工可以寻求法律帮助来保护自己的权益。同时，公司也应该确保其规章制度合法有效，避免因制度不当而损害员工权益。