根据《劳动民法典》的规定，用人单位不得以任何形式擅自变更或者解除劳动合同。因此，如果公司在没有经过合法程序的情况下更改了薪酬制度，并且这种变动影响到了已经签订合同的员工，那么该公司的行为是不合理的。 在这种情况下，员工有权要求公司恢复原薪酬制度，或者提出赔偿请求。同时，员工也可以考虑向劳动行政部门投诉，以维护自己的合法权益。 需要注意的是，具体的处理方式需要根据具体情况来定，建议员工寻求专业的法律帮助，以便更好地保护自己的权益。