根据我国劳动法的规定，用人单位应当依法支付加班费。如果员工因迟到被扣除三天工资，这在法律上是不合理的。通常情况下，用人单位应按照国家规定的最低标准支付加班费，并且不得以任何方式或借口要求员工支付额外的工资。 此外，用人单位应该遵守法律法规，不得随意对员工进行罚款或其他处罚措施，特别是对于工作时间的问题。如果您有其他关于劳动权益的问题，欢迎您随时提问。