您的情况非常复杂，并且需要专业的法律建议。根据您提供的信息，可能存在以下几种可能的情况。 公司在您离开后才开始计算加班费和全勤奖，这可能是不合理的。 如果您确实有请假记录并得到批准，那么公司不应该扣除相应的加班费和全勤奖。 您已经向劳动部门提出申诉，要求解决这个问题。 在这种情况下，您可以考虑采取以下几个步骤来解决问题。 -联系法律顾问或律师，了解您的权利和义务，以及如何保护自己的权益。 -与公司进行协商，尝试达成一致解决方案，例如分期支付或者退还多付的部分工资。 -如果无法通过谈判解决争议，可以寻求第三方调解机构的帮助，如劳动争议调解委员会等。 -在必要时，可以考虑将争议提交至劳动仲裁机构进行裁决，以维护您的合法权益。 记住，在处理此类纠纷时，保持冷静、理性和客观是至关重要的。希望上述建议能对您有所帮助。如果您需要更具体的法律帮助，请咨询专业律师。