您好，根据您的描述，您在签订就业协议时未明确表示在实习期间中途辞职会受到处罚。因此，即使学校要求您延长毕业证书的发放时间，这可能需要通过与学校和药厂之间的沟通协商来解决。您可以尝试联系学校的相关部门或直接与药厂进行沟通，了解双方的具体情况，并寻求解决问题的最佳途径。同时，建议保留好相关证据，以便日后处理相关纠纷时有据可依。