尊敬的客户，根据您提供的信息，如果双方达成协议并签订补充协议，可以约定在支付款项时扣除一定的费用。然而，在实际操作中，建议通过书面形式明确约定费用计算方式和支付条件，以避免潜在纠纷。此外，建议及时与对方沟通协商，并保留相关证据以备不时之需。如有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时联系我。