在非洲工作的员工，在当地被诊断为恶性疟疾，并不构成我国《工伤保险条例》中规定的“工伤”，因为恶性疟疾不属于《工伤保险条例》所指的“职业病”范畴。不过，如果该员工是在从事与工作有关的活动时发病，则可能构成《工伤保险条例》中的其他情形之一。 因此，建议你详细向当地的医疗和劳动保障部门了解具体规定，以便明确是否可以申请工伤认定以及如何进行相关程序。同时，如果认为自己符合《工伤保险条例》中其他情形之一，也可以按照相关规定申请工伤认定。