根据您描述的情况，您与陕西卫康杀灭有限公司之间存在劳动关系，并且您已经完成了约定的期限，即三个月的工作时间。在此情况下，您可以按照双方的协议来处理此事。 如果您选择接受公司的提议，即支付剩余的900元并得到您的工作证，那么这将是一个合法和合理的解决方式。 如果您拒绝支付剩余的费用，公司可以采取相应的措施，例如将其诉诸法律程序以保护其权益。 请注意，在处理此类争议时，重要的是保持公正和透明，并确保所有的行为都在法律框架内进行。如果您需要进一步的帮助或建议，请考虑寻求专业的法律顾问的帮助。