根据《中华人民共和国劳动法》第五十条规定。“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”因此，如果员工的工资确实被少发了，那么公司应该按照法律规定支付该差额，并且不能将责任转嫁给员工个人。建议您与公司协商解决此事，争取得到公正合理的赔偿。同时，也可以寻求人力资源和社会保障部门的帮助和指导。