根据《中华人民共和国劳动法》第十七条的规定，劳动者在用人单位工作期间因公出差产生的交通费、住宿费等费用，应当由用人单位承担。因此，在劳动合同中明确约定公司的财务部门应负责报销相关费用，并且在离职时将所有的未报销费用一并处理完毕。 如果公司在支付工资时并未全额支付员工的薪酬，可能违反了《中华人民共和国劳动法》的相关规定。在这种情况下，员工有权要求公司按照合同或法律规定进行补发，并可以向当地劳动监察大队投诉，以维护自己的合法权益。 同时，建议员工保留好与公司之间的所有书面文件和往来邮件，以便在必要时作为证据使用。在遇到此类情况时，及时寻求专业的法律帮助是非常重要的。