《中华人民共和国劳动民法典》第三十六条规定。“用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。” 在您的情况下，如果合同中明确规定加班不视为旷工，并且双方对此达成了共识，则该条款是有效的。但是需要注意的是，即使如此，仍然可能存在一些特殊情况需要考虑，例如是否影响到其他员工的工作安排等。 因此，在任何情况下，建议您仔细阅读并理解合同的具体规定，以及可能产生的法律后果。如果您对合同有任何疑问或担忧，请及时咨询专业的法律顾问以获得更准确的解答。