在公司已经办理了离职手续的情况下，如果公司在发放工资时扣除离职急辞费是合法的。根据《中华人民共和国劳动民法典》第四十六条的规定，用人单位应当支付劳动者经济补偿金的情形之一就是“解除或者终止劳动合同后，未依法给予劳动者终止或者解除劳动关系手续”，此时，用人单位需要向劳动者支付经济补偿金。 然而，需要注意的是，即使如此，在某些情况下，如果公司确实存在违法扣留员工工资的行为，比如拖欠工资、克扣工资等行为，那么劳动者可以要求用人单位补足被扣的工资，并且可能还需要承担相应的法律责任。 至于是否到劳动局投诉，这取决于具体情况和当地法律法规的规定。通常来说，劳动者可以通过与公司协商解决争议，也可以通过工会组织或法律服务机构寻求帮助。如果情况较为复杂，建议咨询专业的法律人士以获得更准确的指导。