首先，作为公司的员工，在工作中损坏公司财产的行为是不被允许的，并且这种行为可能会导致公司财务损失和信誉受损。 在这种情况下，如果您的工作确实导致公司车辆发动机损坏，那么公司有权要求您赔偿相应的维修费用或更换新车辆。具体赔偿金额需要根据车辆的具体情况以及维修或更换新车辆的成本来确定。 此外，如果您有证据证明该损坏是由某种不可抗力因素引起的（例如天气恶劣、自然灾害等），您可以向公司提出合理解释并请求减轻赔偿责任。 最终决定是否扣款还是由双方协商解决更为合适。建议与公司进行沟通，明确赔偿事宜，以避免不必要的纠纷。