根据您的描述，您在2011年至2013年间每个月的工资均被公司以某种方式支付给您。然而，在2014年至2017年底，公司因为资金短缺而未能按照约定的方式支付工资给您。 2016年，您通过其他途径（如存款等方式）向公司提取了部分款项。2018年，公司因经营困难破产，导致您无法继续工作，并因此向法院提起诉讼，要求您偿还之前从公司提取的款项25万元。 关于这笔款项是否为借款的问题，由于双方并未签订正式的借款协议，且未提供相应的证据证明该笔款项确实存在借款关系，因此很难确定其性质。建议您与公司进行沟通，了解具体情况并收集相关证据，以便更好地维护自己的权益。同时，如果您认为公司行为违法或者有不当之处，也可以考虑寻求法律帮助，依法维权。