首先，根据《中华人民共和国劳动法》和《社会保险法》，企业应当按照国家规定为员工缴纳社会保险费，并在员工工资中直接扣除。如果企业未按时足额缴纳社会保险费，员工有权要求企业补缴。 其次，在计算离职补偿金时，企业可以考虑员工实际工作期间的平均工资作为参考。但如果企业的做法是将补交的保险费用计入员工的应发工资中，则可能违反了上述法律规定，因为这会导致员工的实际收入低于法定最低标准。 因此，建议您与企业进行协商，要求企业按照国家规定的标准来处理离职补偿金的问题。同时，您可以保留相关证据以备不时之需。如果您对公司的行为有疑问或不满，也可以向当地的人力资源和社会保障部门投诉，寻求帮助。