根据我国法律规定，公司法定代表人的行为代表了公司的意思表示，其有权决定公司内部的重大事项，包括对外签订合同等。因此，法定代表人章建宁在没有征得其他股东同意的情况下，以公司名义与A商业银行签署的《贷款协议（三）》是有效的。 然而，需要注意的是，《贷款协议（三）》中可能包含了一些不合理的条款或条件，如要求承担高额利息等，这可能会损害到公司的利益。因此，在后续处理过程中，建议公司应当积极寻求解决办法，尽可能地维护自身权益，并且应当注意合同的有效性，避免因合同无效而导致的风险和损失。