根据《劳动法》规定，劳动者在法定节假日和休息日加班的，用人单位应当按照不低于劳动合同规定的本人小时或日工资标准支付劳动者工资。因此，在国庆节期间，如果员工加班，其加班费应当按照正常工作时间的标准计算。 然而，对于是否扣除部分工资，这取决于相关法律规定和公司内部规章制度。通常情况下，除非有明确的规定或协议，否则不应随意扣除工资的一部分作为补偿。此外，公司在决定是否扣除部分工资时，应考虑是否对员工的工作表现有所影响，并且应该遵循公平、透明的原则。 建议您详细查阅公司的内部规章制度以及相关的法律法规，以确定您的权益是否受到损害。如果您认为自己的合法权益受到了侵害，可以向当地的人力资源和社会保障部门投诉或者申请劳动仲裁。