首先，互助基金是企业和员工共同出资建立的一种保障机制，用于解决因疾病、伤残等导致的生活困难。根据中国《劳动法》和相关法律法规的规定，企业为员工缴纳社会保险（包括互助基金）是一种法定义务。 然而，在实际操作中，如果企业擅自扣除互助基金中的部分金额作为个人所得税或其他费用，则可能涉嫌违反法律规定。因为根据相关规定，企业不得随意从员工工资中扣除任何款项，除非该款项属于法定福利范围内的支出。 因此，建议您与企业沟通，了解具体情况，并寻求专业的法律意见，以确保自己的合法权益得到保护。同时，注意保留相关证据，如工资条、合同等相关文件，以便在必要时进行维权。