根据您提供的情况，如果司机在车辆租赁合同中违约，您按照合同规定收回车辆是合法行为。关于司机声称鞋盒内有贵重物品的问题，由于您和公司其他工作人员都确认盒子内无物品，并且您已将盒子丢弃，这在一定程度上可以证明您的清白。 在这种情况下，司机需要提供证据证明盒子内确实有贵重物品，并且这些物品是在您收回车辆时遗失的。如果没有确凿证据，司机的索赔可能不会得到支持。同时，如果司机的行为构成恐吓，您可以保留追究其法律责任的权利。 关于车辆押金的问题，通常押金的退还应根据合同条款和实际租赁情况来决定。如果司机违约，根据合同规定，公司有权扣除相应的费用或不予退还押金。在处理此类纠纷时，建议保留所有相关证据，并寻求法律专业人士的帮助，以便更好地维护公司和您的合法权益。