如果您和该村名在合作建造房屋时签订了协议，并且约定如果房屋被征收，房屋的第三层归您所有，而该部分征收款应该归您所有，则您的权益应当得到法律的保护。 然而，需要注意的是，即使您有证据证明您有权获得这部分征收款，但若对方拒绝支付或未能按照协议履行义务，您可以向法院提起诉讼，要求对方承担违约责任。在诉讼过程中，法官会根据实际情况和法律规定来判断是否支持您的请求。 此外，您还可以考虑通过仲裁解决纠纷，以避免诉讼过程中的时间和费用成本。请记住，在任何情况下，都应该遵守当地的法律法规，尊重他人的权利，维护良好的社会秩序。