一房两户的房屋所有权是合法的。根据法律规定，如果原房屋的所有权人同意将房屋分割给两个不同的所有人，并且双方都已支付了相应的价款和费用，那么该房屋的使用权可以被分割。 对于您的第二个问题，如果门市房在出售时与顶层住宅一起出售，则通常情况下是可以办理房产证的。因为这两个部分都是属于同一房屋的所有权人名下，只要产权清晰，就可以办理房产证。但是，具体情况还需要依据当地的房地产管理规定来确定。建议您咨询专业的房地产律师或咨询当地房地产管理部门以获得更准确的信息。