根据您提供的条款，付款期限是指从甲方收到乙方合格发票之日起算的30个工作日内支付款项。这并不包括在星期六和星期日，因此，如果30个工作日后的第三天正好是星期六或星期日，那么这个30个工作日之后的第一天就是31个工作日。因此，您的担忧是合理的。然而，需要注意的是，在某些情况下，如合同中明确约定“30个工作日”指的是包含周六和周日在内的工作日，并非指包括周末在内的所有工作日。建议您仔细阅读合同文本并确保其含义清晰明了。如果您有任何疑问或需要进一步的解释，请咨询专业的法律顾问。