根据《中华人民共和国劳动法》第十六条的规定，劳动者应当完成劳动任务，提高职业技能，执行劳动安全卫生规程，遵守劳动纪律和职业道德。在劳动合同中，用人单位有权依法制定企业内部规章制度，并且这些制度需要得到工会或者全体职工的同意。 如果公司以“二次分配”为理由，将员工的底薪进行扣除，这可能违反了劳动合同中的约定。因此，您应该与公司沟通，了解具体情况并寻求解决方案。如果您认为公司的做法不合规，可以考虑向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。同时，您可以保留相关的证据，如工资条、合同等，以便证明您的权益受到侵害。