在处理此类案件时，应当遵循公正和公平的原则。如果合同涉及损害第三人利益的情况，且该合同已被法院认定为无效或撤销，那么根据法律规定，得利人（即签订房屋补偿协议的一方）应将获得的利益返还给第三人。 因此，在这种情况下，对于签订房屋补偿协议的公司而言，其作为得利人，应该将从第三方（即第三人）那里得到的好处如购房款等退还给第三人。这不仅体现了合同法中关于保护第三人的权益的规定，也是对当事人之间平等交易原则的一种体现。 当然，具体的法律程序和细节可能会因地区和具体情况而有所不同，建议您详细查阅当地的法律法规，并寻求专业的法律顾问进行详细的分析和指导。