在处理民间借贷纠纷案件时，如果发现其中可能存在非法集资的行为，应当依法进行调查和审查。根据法律规定，人民法院在审理此类案件时，对于涉及非法集资的民事诉讼案件，应当依法移送公安机关或者国家安全机关处理，并不得自行处理。这是出于对公民财产安全和社会秩序稳定的考虑。 因此，在处理民间借贷纠纷案件中发现可能存在的非法集资行为时，如果直接由法院自行处理可能会导致违法行为得不到及时有效的打击，甚至可能导致非法集资活动的进一步扩大。在这种情况下，建议法院将相关案件移交给有权机关处理，以确保案件得到公正、合法的处理。同时，法院也应加强对民间借贷案件的监督和管理，防止类似情况的发生。