根据您的描述，您在国有企业改制后的集体企业中工作了13年，并担任中级管理岗位。由于公司的高层领导更换，您希望了解如何处理自己的职位和待遇变更，以及如何保护自己。 首先，对于您的工作年限和级别，通常情况下，员工在同一个单位工作满一定年限后可以享受一些福利或待遇的提升。因此，如果您的职位变化是基于个人能力的提高或是组织结构调整的结果，那么您可以考虑继续留在公司，并寻求职位晋升的机会。 其次，关于年假的问题，您提到公司未按照法律规定支付加班费并签订了放弃年假协议。这可能构成劳动争议的一部分，需要仔细评估相关法规和公司政策，确保自己的权益得到保障。如果您认为公司侵犯了您的合法权益，建议及时向当地劳动监察部门举报，或者通过劳动仲裁程序来维护自己的权益。 最后，考虑到劳动合同的重要性，建议您关注是否已经重新签订新的劳动合同，并确认新合同中的条款是否符合法律规定。同时，也可以考虑聘请专业的法律顾问，帮助您审查和理解劳动合同的内容，避免潜在的风险。 综上所述，为了最大程度地保护自己的利益，建议您详细分析当前情况，结合自身实际情况，制定合理的应对策略。同时，保持积极的心态，寻找解决问题的方法，相信能够找到最佳解决方案。