根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位有权对员工的出勤情况进行管理和考核。在本案例中，如果员工因故请假一天且未得到批准，而该天为全勤日，那么按照法律规定，公司应当支付相应的加班费。 此外，对于扣除三天工资的做法，需要结合具体情况来判断是否合理。一般来说，除非员工严重违反了公司的规章制度或者工作表现极差，否则扣除三天工资是不太合理的。如果员工确实是由于个人原因未能按时到岗，可以考虑给予一定的补偿或调休，以体现人性化管理的理念。 综上所述，关于扣除三天工资和不批假的情况，具体处理应综合考量双方的实际情况和法律法规规定，确保处理方式公平、公正。同时，建议企业加强内部管理制度建设，明确岗位职责和绩效评估标准，避免类似情况的发生。