根据《工伤保险条例》的规定，如果员工因工受伤导致右手小拇指全部缺失，一般会被认定为九级或者十级伤残。具体等级的确定需要由劳动能力鉴定委员会依据员工的实际伤情进行评定。 在申请工伤赔偿时，除了提供医疗证明和相关文件外，还应当准备以下材料。 工伤认定书； 医疗费用清单及发票； 劳动能力鉴定结论报告（若适用）； 与用人单位协商一致的书面协议或调解协议。 其他相关证据如工作证、劳动合同等。 请注意，上述信息仅供参考，具体情况应以当地人力资源和社会保障部门的具体规定为准，并及时向当地社保机构咨询。同时，建议在处理此类事宜时寻求专业的法律意见。