根据《中华人民共和国专利法》第6条的规定，执行本单位的任务所完成的职务发明创造，申请专利的权利属于该单位；申请被批准后，该单位为专利权人。因此，在这种情况下，如果双方有明确的协议，可以对专利申请权进行约定。 然而，需要注意的是，专利申请权的转让需要经过专利局的审查并获得授权。如果双方在签订合同时没有明确规定专利申请权的转让条款，则可能会影响后续的专利转让程序。 此外，专利申请权的转让还受到其他法律规定的限制，例如，对于涉及国家秘密或者商业秘密的技术成果，专利申请权只能由拥有者自行决定是否申请专利。因此，在处理此类案件时，应当详细审查相关合同以及法律法规，以确保权利的正确行使和保护。