《中华人民共和国公司法》规定，股东以其出资额为限对公司承担责任。因此，如果公司没有违反相关法律法规的规定，并且与员工签订的劳动合同中明确约定“按照公司章程执行”，那么该行为应当被视为一种内部管理机制，其合法性取决于公司是否符合法律规定。 然而，在实践中，这种制度可能会引发一些争议和纠纷。例如，如果公司以“跟投”名义获取利益而损害其他股东的利益，则可能构成不当得利或者侵犯他人财产权益的行为。此外，由于涉及到员工权益的保护，还需要考虑相关的劳动法律法规。 因此，建议公司在实施这种制度前，详细审查相关政策法规，确保其符合公司的经营宗旨和社会责任，同时也要充分尊重员工的权利，避免因制度设计不合理而导致的纠纷或诉讼。