您的情况可能涉及到了两个不同的法律关系。首先，您与甲单位之间的劳动关系应当受到《中华人民共和国劳动民法典》的保护，而乙单位与甲单位的合作关系则属于另一种法律关系。 关于合同效力的问题，如果双方在合作期间签订了明确的书面合同，并且该合同的内容符合法律法规的规定，那么该合同应被视为有效。然而，需要注意的是，在这种情况下，如果合同中存在违反法律规定的条款或损害他人利益的情形，合同也可能无效。 至于赔偿金额的问题，需要具体分析合同中的相关条款和法律规定来确定。一般来说，合同终止后，若无特别约定，则通常会按照双方签订的协议进行结算。如果您认为自己的权益受到了侵害，可以考虑通过协商或者诉讼的方式来解决纠纷。 总之，建议您及时收集证据，了解合同的具体细节，以及相关的法律法规规定，以便更好地维护自己的合法权益。同时，也可以寻求专业的法律帮助，以确保自己的权益得到充分保障。