首先，关于“男女混住宿舍是否合法”的问题，这需要考虑多个因素，包括但不限于当地法律规定、宿舍管理规定以及双方当事人的意愿等。通常情况下，在没有明确禁止的情况下，允许男女混住的宿舍是合法的。然而，具体情况还需要具体分析。 其次，如果公司租用的房屋是一个三层楼的三室一厅房子，其中男生和女生各有一个单独的房间，并且没有其他异性居住在一起的情况，这种安排通常是符合法律规定的。但需要注意的是，如果该房屋存在公共区域（如厨房、浴室），则可能涉及共同使用空间的问题，需要遵守相关法规。 最后，对于公司的行为，如果其按照上述安排提供了安全、卫生的生活环境，并尊重了每个人的权利和隐私，那么这一做法可能是正当的。但是，如果有任何侵犯个人权益的行为，例如不合理的待遇或歧视，那么就需要采取行动来维护自己的合法权益。 总之，处理此类情况时，应根据当地的法律法规和实际情况进行判断，同时确保自己在权利保护方面的利益得到充分保障。如果有疑问或需要进一步的帮助，请及时寻求专业的法律建议。