在公司内部组织结构调整的情况下，员工的劳动合同通常会根据公司的规定进行调整。如果公司决定撤销某个部门并将其合并到其他部门，这可能会导致原部门的员工被转移到新的部门中。在这种情况下，员工可能需要重新签订劳动合同。 然而，具体是否允许员工拒绝新合同或是否有权要求赔偿，取决于公司的政策和法律规定。一些公司在这种情况下可能会提供补偿或者协商解决的方式。此外，如果员工认为新合同不公平，他们也可以通过劳动争议仲裁程序来寻求帮助。 总之，在这种情况下，员工有权了解自己的权益，并且可以通过合法途径来维护自己的利益。如果对具体的条款有疑问，建议向专业的法律顾问咨询。