根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条的规定，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。因此，在公司进行暗查暗访过程中，如果存在侵犯员工合法权益的行为，如无故延长工作时间、扣发工资等行为，员工可以向当地人力资源和社会保障局举报，由其对违法行为进行查处。同时，员工也可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。在任何情况下，公司不得擅自录制或拍照员工的个人隐私信息，并应遵守相关法律法规，保护员工的人身安全和尊严。