根据《个人所得税法》的规定，个人所得应以“次”为单位计算纳税。如果公司对员工的工资和年终奖进行合并扣税，可能会导致员工多缴税款的情况发生。因此，在处理此类问题时，建议您咨询专业的税务顾问或会计师，以便获得更准确的解答和指导。同时，请注意遵守相关法律法规，避免因不当操作引发的风险。