在这种情况下，公司面临的问题比较复杂，包括未签订劳动合同、未缴纳社保以及员工借款后失联等问题。首先，根据《劳动合同法》，即使没有书面合同，只要存在事实劳动关系，员工依然享有劳动法所规定的权利。公司未缴纳社保违反了法律规定，可能需要承担相应的法律责任。 员工拿着银行流水向劳动仲裁委员会提出申请，这表明他可能在寻求确认劳动关系并要求补缴社保等权益。公司需要准备相关的证据来应对仲裁，包括工资支付记录、员工的工作证明等，以证明双方的劳动关系及工资支付情况。 由于员工借款后失联，这可能涉及到借款追讨的问题，公司可以考虑通过法律途径追回借款。 鉴于案件的复杂性，建议公司聘请专业律师提供法律服务，包括但不限于准备仲裁材料、代表公司参与仲裁程序、提供法律咨询和策略建议等。律师可以帮助公司分析案情，制定应对策略，保护公司的合法权益。同时，律师还可以协助处理与员工的沟通协商，以及可能的法律诉讼。