根据您提供的信息，如果您的妻子的单位因未支付员工工资而被法院判决败诉，并且该单位的注册资金只有三万元，那么在法院的判决中通常会要求被告单位按照判决结果进行赔偿。在这种情况下，对于未支付的员工工资部分，可能需要将三万元中的相应金额分配给每位员工。 然而，具体如何分配这笔款项还需要考虑多个因素，例如。 员工的具体情况。不同员工的工资数额可能会有所不同。 法院判决书中的详细规定。不同的地区和国家对这类案件的处理方式可能存在差异。 诉讼程序的进展。如果存在其他债权人或被执行人的权利，法院可能会优先考虑这些债权人的利益。 因此，在实际操作过程中，建议与专业的法律顾问合作，以便更好地了解相关法律规定和实际情况，以确保公平合理的分配方案得以实施。同时，也可以考虑与其他债权人协商，争取更公正的分配方案。