根据《劳动法》的规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果公司拖欠员工工资，而后再通过发放补贴的方式要求员工离职时扣除工资，这种行为是不合法的。 在员工离职前，公司应当首先支付其应得的工资，并且不得以任何方式从中扣减。否则，可能会导致员工因为无法获得应有的补偿而产生不满情绪，甚至可能引发劳动纠纷或诉讼。 因此，建议公司在处理此类情况时，应当遵循诚实守信的原则，及时与员工沟通，确保双方的合法权益得到保护。同时，也可以考虑采取其他方式来解决欠薪问题，如协商达成一致、申请调解等，避免不必要的争议和风险。