《中华人民共和国刑法》第二百六十四条规定。“盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。” 根据该规定，如果员工在工作期间盗窃了客人的香烟（价值90元），并被发现后要求其赔偿损失，且按照公司规定的标准进行了罚款1000元，则这一行为并不构成犯罪。但是，这种行为违反了公司的规章制度和职业道德，可能给公司带来经济损失和声誉损害。 因此，在处理此类案件时，应当考虑是否符合法律规定以及对公司的影响。同时，也建议员工遵守职业道德和社会道德，避免类似行为的发生。