在处理类似情况时，关键在于是否涉及到非法限制他人自由和侵犯财产等违法行为。根据中国的相关法律规定，如果员工以暴力或者其他方式阻碍工厂的正常运输活动，可能构成阻碍公务行为或者扰乱公共秩序罪。 具体到您的案例中，如果员工的行为是为了保护自己的合法权益不受侵害（例如防止货物丢失或损坏），并且这种阻止是合法且合理的，那么其行为并不违法。然而，如果员工的行为是出于个人目的而采取的极端措施，比如试图阻止货车进入厂区大门，这可能会被视为非法的“拦路”行为，违反了相关的交通法规。 因此，在处理此类纠纷时，建议您首先了解员工的具体诉求和行为动机，并确保这些行为符合法律法规的要求。如果您认为员工的行为已经严重干扰到了工厂的正常运营，可以考虑寻求司法途径来解决这一问题，但请注意遵守法律程序，避免不必要的冲突和法律责任。