首先，需要确认房屋是否确实存在违法建设。如果存在违法建设，且该违法行为尚未得到纠正或被合法处理，则可能会影响您的营业执照办理。 其次，即使存在违法建设，也应根据具体情况分析。如果违法建设已经得到纠正并得到了官方的认可，那么您仍然可以继续使用该房屋进行经营活动。但是，在这种情况下，您可能需要向政府相关部门提交相关的证明材料和文件，以证明房屋的合法性。 最后，建议在租赁合同中明确约定关于房屋性质、是否存在违法建设等问题的责任归属。这样可以在一定程度上避免因房屋性质不明确而产生的纠纷。同时，如果您发现房屋存在违法建设的情况，应及时与房东沟通解决，并考虑是否终止租赁关系。