根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，集体所有的土地使用权可以依法转让。但是，未经县级以上人民政府批准，不得改变土地用途和性质。 如果原来的3分的口粮田已经开垦为3亩，那么理论上可以确认为新的耕地，可以按照新的面积进行确权登记。但需要注意的是，这个过程需要经过相关部门的审批和备案，并且涉及到土地使用性质的变化，可能会影响到该块土地的后续利用和发展。 此外，需要注意的是，土地确权是一个复杂的过程，涉及法律法规的适用、地籍资料的收集整理、权利人的身份确认等多个方面。因此，在实际操作中，建议寻求专业的土地评估机构或法律顾问的帮助，以便确保合法合规地进行土地确权工作。