根据我国劳动法的相关规定，企业因经营需要而进行的重组或改组时，应当按照国家和地方有关政策的规定，妥善安置职工。在本案中，由于员工未能按时返回工作岗位工作，导致公司在人员调整过程中损失了一定的人力资源成本，并且可能影响到公司的运营效率。 因此，在公司认为其已经履行了相应的责任和义务的情况下，拒绝支付员工的部分工龄补偿是合理的。但是，如果公司确实存在过错，比如未能及时通知员工或者未提供适当的替代岗位等，则可能会被法院判决赔偿部分工龄补偿金。此外，员工也可以通过协商或者其他途径来争取自己的合法权益。