根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者在解除或者终止劳动合同前，按照约定应当履行完毕的义务称为“竞业限制”，即员工离职后，原公司有权继续保留其离职时尚未完成的工作任务和职责，以确保工作交接顺利进行。如果员工违反了竞业限制协议中的相关规定，原公司有权要求其承担违约责任。 关于是否可以扣除员工的档案，这通常取决于当地法律规定以及合同的具体条款。一般来说，即使有竞业限制规定，也应遵循公平原则，避免对员工造成过大的负担或损失。因此，当员工违反了竞业限制规定并导致了原公司的经济损失时，原公司有权要求员工赔偿相应的损失，但这并不意味着该公司有权随意扣除员工的档案。 总之，对于这种情况，建议您咨询专业的法律顾问，以便了解当地的法律规定，并确保您的权益得到保护。