根据《中华人民共和国公务员法》的相关规定，法官在任职期间不得投资经商办企业。因此，在法官在职期间参与某公司的入股行为是不合法的。同时，根据相关规定，法官不得利用职务之便谋取私利或损害国家和人民利益。 在任何情况下，法官必须遵守法律法规，保持公正廉洁，维护司法公正和司法权威。如果发现有违反法律规定的情况，应当及时向有关机关报告，并按照程序进行处理。