您好！在没有确凿证据证明员工恶意损坏或盗窃公司财产的情况下，公司无权单方面扣发员工的全部或部分工资。通常情况下，企业应通过合法程序来确定损失原因，并基于合理的评估结果对相关责任人进行处罚。如果您遇到类似情况，请寻求专业的法律顾问帮助，以确保您的权益得到充分保护。