如果甲方违反了房屋征收补偿协议中的规定，并将商铺以入股的方式强行吞并了乙方的私人财产，那么乙方有权要求甲方承担相应的赔偿责任。根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，当一方违约时，另一方可以请求其支付违约金或损害赔偿。 在具体操作中，乙方需要首先收集相关的证据，如书面合同、付款凭证等，证明自己确实遭受了损失。然后，可以通过协商或者诉讼方式向甲方主张赔偿。如果协商不成，乙方可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的权益。 需要注意的是，在处理此类案件时，乙方应尽可能地搜集和保留相关证据，以便于后续的法律程序。同时，乙方也应注意保护自身的合法权益，避免因过激行为引发不必要的纠纷。